Начало практической реализации в 2006 – 2007 годах замысла создания современной эффективной системы береговой охраны обострило противоречие между изменившимися требованиями к количественно-качественным характеристикам кадров, необходимых для ее функционирования, и возможностями существовавшей организации их подготовки.
Сложившаяся в последней четверти прошлого века ведомственная структура подготовки специалистов корабельно-катерного состава была ориентирована главным образом на массовую подготовку младших морских специалистов, проходящих службу по призыву. Обучение мичманов со средним профессиональным образованием, готовых эксплуатировать вооружение пограничных кораблей и катеров, в ведомственных образовательных учреждениях не осуществлялось. Потребности в офицерах с высшим образованием удовлетворялись за счет выпускников военно-морских институтов, частично проходивших непродолжительную профессиональную переподготовку, а в последующем – повышение квалификации в ведомственных вузах.
В условиях снижения количественных показателей кадрового заказа и в связи с переходом к комплектованию подразделений береговой охраны военнослужащими, проходящими военную службу по контракту, существенно возросли потребности в специалистах корабельного состава с высшим и средним профессиональным образованием, адекватным обновленному содержанию пограничной деятельности на морских направлениях. Разнородность сил и средств, составляющих систему береговой охраны, ориентация ее подразделений на противодействие трансграничной преступности потребовали расширения числа направлений подготовки сотрудников, в том числе по линии охраны морских биологических ресурсов и государственного контроля в этой сфере, оперативной и информационно-аналитической деятельности.
Эти и ряд других предпосылок обусловили необходимость создания нового образовательного учреждения, ориентированного преимущественно на подготовку для пограничных органов морских специалистов с высшим и средним профессиональным образованием, а также осуществление их дополнительного образования.
Институт был создан в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 18 августа 2007 года № 1072-р на базе филиала Пограничной академии ФСБ России и Отдельного учебного морского центра ФСБ России.
История подготовки офицерских кадров для морских частей пограничных войск берет свое начало с октября 1976 года, когда в связи с острой необходимостью подготовки офицерских кадров, обладающих профессиональной квалификацией в области пограничной деятельности на море, приказом Председателя КГБ СССР в городе Анапе на территории Учебного центра по подготовке морских специалистов пограничных войск КГБ СССР была организована переподготовка офицеров пограничных войск на потоках Высших пограничных ордена Ленина Краснознаменных командных курсов КГБ СССР.
В 1981 году образованы курсы усовершенствования и переподготовки офицерского состава, а в январе 1986 года они преобразованы в Учебный центр по совершенствованию и переподготовке офицеров морских соединений и частей пограничных войск Высших пограничных ордена Ленина Краснознаменных командных курсов КГБ СССР.
В сентябре 1990 года Учебный центр преобразован в факультет повышения квалификации офицерского состава морских соединений и частей пограничных войск Всесоюзного ордена Ленина Краснознаменного института повышения квалификации офицерского состава пограничных войск КГБ СССР.
В мае 1992 года факультет преобразован в факультет повышения квалификации офицеров морских соединений и органов управления Академии пограничных войск.
В октябре 1992 года, в связи с подчинением пограничных войск Министерству безопасности Российской Федерации, факультет преобразован в факультет повышения квалификации офицеров морских соединений и органов управления Военного института пограничных войск Академии Министерства безопасности Российской Федерации.
В марте 1994 года, в связи с воссозданием Академии пограничных войск Российской Федерации, факультет повышения квалификации офицеров морских соединений и органов управления введен в ее состав.
В октябре 1997 года факультет расформирован и на его базе при 1-м Отдельном учебном морском центре Федеральной пограничной службы Российской Федерации в г. Анапе создаются высшие офицерские классы морских сил ФПС России.
В марте 2000 года офицерские классы преобразованы в факультет переподготовки и повышения квалификации офицеров морской охраны Академии Федеральной пограничной службы Российской Федерации.
В июне 2001 года на базе факультета создан филиал переподготовки и повышения квалификации офицеров морской охраны Академии Федеральной пограничной службы Российской Федерации.
В феврале 2005 года образован филиал переподготовки и повышения квалификации офицеров береговой охраны Пограничной академии Федеральной службы безопасности Российской Федерации.
18 августа 2007 года создано федеральное государственное казенное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Институт береговой охраны Федеральной службы безопасности Российской Федерации».
В рамках реализации межведомственной целевой программы «Развитие системы профессионального образования в российских спецслужбах» в институте построено 14 новых зданий, реконструировано 10 объектов. Создана уникальная тренажерная база, соответствующая всем требованиям стандартов для подготовки морских специалистов. Ее основу составляют: комплексный тренажер для подготовки экипажей кораблей, катеров и судов «Рассвет-Тренажер»; учебно-тренировочный комплекс по борьбе с водой и пожаром; учебно-тренировочный комплекс по спасению; учебно-тренировочный комплекс по водолазной подготовке; два класса штурманской подготовки; тренажерный комплекс по подготовке операторов АСТК и координационных отделов пограничных органов; спортивный комплекс; бассейн. Полностью обновлен состав учебных плавсредств, представленный сегодня учебными катерами, моторными лодками, гребно-парусными шлюпками.
В 2008 году состоялся первый набор курсантов на обучение по программе среднего профессионального образования. С 2010 года институт приступил к обучению по программе высшего образования.
3 июля 2011 года состоялся 1-й исторический выпуск мичманов.
27 июня 2015 года состоялся 1-й выпуск лейтенантов, обучающихся по специальности «Судовождение», в июне 2016 года – по специальности «Пограничная деятельность», а в июне 2020 года – по специальности «Эксплуатация судовых энергетических установок».
История института тесно связана с историей Отдельного учебного морского центра Федеральной службы безопасности Российской Федерации, образованного в 1935 году, когда в Одессе была сформирована 2-я морская пограничная школа по подготовке специалистов и младшего начсостава морской пограничной охраны НКВД СССР.
В 1936 году по приказу наркома НКВД СССР 2-я морская пограничная школа была перебазирована в город Анапу. С течением времени это учебное заведение не раз меняло свое название. Но неизменным оставалось его предназначение – подготовка младших специалистов для охраны морских рубежей Отечества.
Школа готовила рулевых-сигнальщиков, старшин групп мотористов, боцманов и коков-содержателей. В 1938 году в школе создаются курсы по подготовке воентехников для пограничных кораблей.
В 1939 году школе от имени Президиума Верховного Совета СССР было вручено 1-е Боевое знамя части.
Интересы охраны государственной границы в условиях обострившейся международной обстановки настоятельно требовали объединения морпограншкол в один учебный центр. С этой целью в Анапе в 1939 – 1940 годах производится строительство зданий для жилых и учебных помещений, создается учебный комплекс, а в июне 1940 года на базе 2-й морской пограничной школы формируется 1-й учебный отряд морских специалистов погранвойск НКВД. В состав отряда, кроме 2-й морпограншколы, вошли Владивостокская, Шлиссельбургская, Махачкалинская морпограншколы.
Первый основной выпуск корабельных специалистов отряд произвел в мае 1941 года.
В июле 1941 года проводится переформирование отряда. Из учебных школ было создано три батальона. На личный состав отряда была возложена задача создать оборонительные сооружения в Анапском районе и защищать район в случае высадки десанта.
Кроме того, личный состав выполнял оперативно-чекистские мероприятия по обезвреживанию вражеской агентуры и ее пособников.
В октябре 1941 года учебный отряд переходит в подчинение Черноморского флота. Ему присваивается наименование «Учебный отряд сторожевых катеров Черноморского флота», который готовит специалистов для боевых кораблей и катеров, а также выполняет задачи по охране и защите проходящих вдоль Анапских берегов судов, доставляющих войска и военные грузы в Крым.
В сентябре 1942 года учебный отряд расформирован, а личный состав направлен на корабли Черноморского флота и в батальоны морской пехоты.
За героизм и мужество в боях с немецко-фашистскими захватчиками 23-м морякам-пограничникам было присвоено высокое звание Героя Советского Союза. 11 из них – воспитанники учебного отряда.
В послевоенные годы, в условиях напряженной международной обстановки и усиления подрывной деятельности, руководство страны требовало от пограничных войск бдительно охранять границу нашей Родины на суше и на море.
В целях увеличения численности корабельных специалистов для морских частей пограничных войск, по приказу МВД СССР от 8 декабря 1948 года в г. Анапе формируется 4-я морская школа старшинского состава, которая входит в состав погранвойск Грузинского округа.
2 июля 1949 года 4-й морпограншколе было вручено 2-е Боевое знамя части.
Восстановление и дальнейшее развитие морской школы позволило командованию погранвойск в августе 1953 года переформировать 4-ю морпограншколу в учебный отряд с присвоением ему наименования Первый учебный отряд морских специалистов погранвойск. По окончании формирования учебный отряд включал в себя управление с подразделениями обслуживания и школы с учебными ротами по профилям подготовки: оружия и электромеханическую.
В 1954 году Учебный отряд значительно пополняется обучающим составом и учебно-материальной базой за счет 1-й, 2-й и 3-й морпограншкол и объявляется Первым отдельным учебным отрядом морских специалистов с подчинением непосредственно ГУПВ.
В 1974 году в Учебном отряде создана школа по подготовке мичманов.
В 1976 году отряд переименован в Отдельный учебный центр по подготовке морских специалистов.
В 1978 году за заслуги в вооруженной защите социалистической Родины и достигнутые успехи в охране Государственной границы СССР Учебный центр награжден орденом Красной Звезды.
В 1981 году вручено 3-е Боевое знамя.
В соответствии с Указом Президента РФ от 11 марта 2003 года с 1 июля 2003 года, в связи с упразднением Федеральной пограничной службы Российской Федерации, учебный центр вошел в состав Пограничной службы Федеральной службы безопасности Российской Федерации. С этого времени и до реорганизации 2007 года он именовался «Отдельный учебный морской центр ФСБ России».